Rektor
Wyższemu Seminarium Duchownemu Diecezji Ełckiej przewodzi rektor, który odpowiada za całość formacji seminaryjnej. Do jego zadań należy m.in. troska o integralność i harmonię drogi wychowawczej, towarzyszenie seminarzystom w rozwijaniu powołania oraz poznawanie ich we wszystkich aspektach dotyczących formacji.
Od 2021 r. rektorem WSD w Ełku jest ks. kan. dr Marcin Sieńkowski
tel. (087) 621 75 20, e-mail: wsd@diecezja.elk.pl
Wicerektor
W określonych obszarach życia seminaryjnego rektora wspiera wicerektor, a w razie potrzeby jest jego zastępcą.
Od 2010 r. funkcję wicerektora pełni ks. kan. dr Maciej Maciukiewicz
Ojciec Duchowny
Za duchowy wymiar formacji seminaryjnej jest odpowiedzialny ojciec duchowy. Spoczywają na nim zadania związane z organizowaniem rekolekcji, dni skupienia, głoszeniem konferencji, troską o liturgię i wspólną modlitwę, kierownictwem duchowym i słuchaniem spowiedzi.
Od 2019 r. ojcem duchownym jest ks. kan. dr Paweł Tarasiewicz
Prefekt alumnów
Koordynacja formacji ludzkiej jest powierzona prefektowi. Jego główne zadanie polega na systematycznym towarzyszeniu alumnom w ich rozwoju ku pełni człowieczeństwa.
Od 2024 r. prefektem jest ks. mgr Dariusz Konopko
Od 2022 r. formacja naszych seminarzystów na etapie propedeutycznym odbywa się w międzydiecezjalnym domu formacyjnym w Klebarku Wielkim. Nad rozeznawaniem i wzrostem w powołaniu ełckich alumnów czuwa prefekt etapu propedeutycznego oraz ojciec duchowny.